杂志：naturegenetics
IF:25.
导语
GUIDE╲
神经母细胞瘤是一种外周交感神经系统的小儿肿瘤。肿瘤的表现从自发退化到无法治愈的进展不等。尽管有广泛的治疗，如化疗、手术、放射治疗和免疫治疗，高风险神经母细胞瘤患者的存活率仍低于50%。在大多数患者中，可以观察到对治疗的初步反应，然而，这些患者中高达60%的患者随后复发，并伴有难治性肿瘤。一些遗传变异，包括MYCN扩增和染色体节段性改变，如1p缺失、11q缺失或17q扩增，与预后不良有关。然而，尚不清楚哪些遗传缺陷与疾病复发有关。
背景介绍有研究对个原发性神经母细胞瘤的诊断时的样本进行新一代测序，这些发现了相对较少的体细胞突变，ALK的激活突变和ATRX的失活突变是最常见的，但这些每一个基因突变的病例不到10%。值得注意的是，这些大规模研究都没有考虑到复发时的肿瘤基因组，部分原因是患者在疾病进展时很少接受肿瘤活检，因为目前的诊断放射学技术，如间碘苄胍闪烁成像（metaiodobenzylguanidinescintigraphy）是高度敏感和特异性的。
最近，有研究对复发的神经母细胞瘤中ALK位点的测序发现，在54例(26%)样本中有14个激活突变，表明复发性神经母细胞瘤基因组中ALK异常的频率更高。这意味着肿瘤细胞的选择与基因的改变，介导神经母细胞瘤复发。因此，为了确定与复发性神经母细胞瘤相关的基因改变，本工作对23个原发肿瘤、复发性肿瘤和constitutionalDNA（生殖细胞中的DNA）三联体样本进行了全基因组测序。
数据介绍（1）对23个原发肿瘤、复发性肿瘤和constitutionalDNA（生殖细胞中的DNA）三联体样本进行了全基因组测序。样本的详细信息如下表（Table1）。23例患者中21例在复发前接受了化疗，其中8例也接受了放疗。（2）18个细胞系神经母细胞瘤细胞系进行全基因组测序。
结果解析01克隆进化首先分析了导致氨基酸变化或位于外显子3bp内的剪接位点区域，以及包含5个或更少基因的区域的局灶性结构畸变的体细胞突变的测序数据。复发样本比在诊断时样本多14个突变（Fig.1）。在原发肿瘤中检测到的突变中有28%在复发时也被检测到，这表明原发肿瘤和复发肿瘤具有共同的下降趋势。
为了对克隆结构有更深入的了解，接下来使用一种重新定制的Bayesian方法来评估所有体细胞突变的癌细胞分数(CCF)，该方法从测序确定的突变等位基因分数推断CCF，并考虑了污染和位点特异性拷贝数。该分析得出，在原发肿瘤中检测到但在复发肿瘤中丢失的突变的CCF中值为61%，而在原发肿瘤中与复发肿瘤共享突变的CCF中值为90%。此外，评估所有复发性肿瘤突变的CCF中值为83%，而所有原发性肿瘤突变的CCF中值为75%，这表明复发时突变子集的克隆富集。在原发和配对的复发肿瘤中，受较小的结构事件和染色体拷贝数改变影响的基因的比较显示了类似的结果，其中有一个子集的畸变是相同的（Fig.1c,d）
02激活RAS-MAPK信号的突变的富集对患者的复发样本的全基因组测序数据进行无偏倚通路分析，发现了与RAS–丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)信号相关的基因突变的强富集(P=6.1×10?7)。接下来，识别了CancerGeneCensus标注的已知的突变基因，然后